منطقه بخارا یا شهر بخارا یکی از چندین سکونت‌گاه بزرگی بوده، که در دهانه رود زرافشان در سغد باستان پدید آمده اند. از آنجایی که هیچ گواهی از رسیدن این رود به جیحون در دوره تاریخی موجود نیست، این فرض منطقی خواهد بود که در هزاره اول پیش از میلاد، آبیاری با استفاده از آب رود، امکان پدید آمدن جمعیتی رو به رشد و گسترشش در مناطق قابل زراعت واحه را ایجاد کرده است. در زمان اسکندر هیچ گزارشی از وجود شهری در این نواحی موجود نیست و در باره تاریخ بخارا پیش از سده ۵ و سده ۴ نمی‌توان نظری داد، همان زمان تخمین زده شده برای قدیمی‌ترین سکه‌های یافت شده در بخارا که نوشته‌های بومی سغدی بخارایی با الفبای آرامی دارند.